Schon bald nach Beginn der Reformation bekannten sich große Teile der Bürgerschaft Straubings zur lutherischen Lehre. Sie kamen in Konflikt zu den katholischen Landesherren. Viele Lutheraner mußten die Stadt verlassen, unter ihnen auch der Mitentdecker Argentiniens, Ulrich Schmidl.
Erst in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts kamen durch zentrale Verwaltungsbehörden wieder Evangelische nach Straubing. Gttesdienste konnten in einem Saal des Schlosses und in der Hauskapelle des jetzigen „Straubinger Tagblatts“ gefeiert werden. In der Bahnhofstraße wurde schließlich 1893 eine eigene Kirche gebaut.
Entscheidend veränderte sich die Situation nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs durch den Zuzug von tausenden Heimatvertriebener.
Vor Wiedererrichtung der im April 1945 kriegszerstörten Kirche war die Gemeinde für die Beherbergung in der katholischen St. Veits-Kirche dankbar.
Auf Grund des Wachstums der Gemeinde in der Nachkriegszeit und der Entstehung neuer Wohngebiete im Straubinger Osten wurde 1963 die Versöhnungskirche gebaut. Seit 1970 ist sie eigenständige Kirchengemeinde.
Inzwischen ist sie durch die Aussiedleraus den ehemaligen Ostblockstaatenauf über 2.700 Gemeindeglieder gewachsen.